小琉球沒有橋梁連接台灣本島，因此需從東港碼頭搭乘渡輪前往。

路線建議：

自行開車｜南下　

◆北部、中南部

◇北部及中南部遊客，可經由國道一號高速公路南下，由小港機場出口沿省道十七號公路，往東港行駛即抵達東港碼頭，再搭交通船到小琉球。

◇北部及中南部遊客，可經由國道三號南下，由林邊交流道出，往東港方向行駛，直走台17 線，直行進入東港至進德橋前左轉，前行約200公尺右側，抵公營、民營碼頭搭船。

◆高雄旅客

◇可經台17線(沿海路)經過林園至東港，過東港大橋前行第二個紅綠燈右轉光復路，至中山路右轉至進德橋前左轉，前行約200公尺右側，抵公營、民營碼頭搭船。

◆屏東旅客

可經台27線往萬丹、烏龍，左轉台17線往東港，過東港大橋前第二個紅路燈右轉光復路，中山路右轉至進德橋前左轉，前行約200公尺右側，抵公營、民營碼頭搭船。

自行開車｜北上

◆台東、墾丁

由台東、墾丁前往東港者 自墾丁沿26號省道至枋寮、水底寮，再沿17號省道至林邊、東港， 抵達東港後再至東港碼頭，搭交通船到小琉球。